Bud pouzit balik inputenc (\usepackage[latin2]{inputenc}, nebo utf8, cp1250, ...) a kopilovat pomoci latex/pdflatex, nebo pouzit balik czech z cslatexu (\usepackage{czech}) a kompilovat pomoci cslatex/pdfcslatex.
Oba zpusoby funguji, ale v pripade toho prvniho jsem jeste nevidel ve vystupu spravne ceske uvozovky a hacek nad t.
Cslatex bylo drive potreba implantovat do systemu (debian) rucne, ale nyni je myslim soucasti baliku texlive.