Například to, že ačkoliv ten systém byl ještě pořád založen na MS-DOSu, tak do něj nešlo normálním způsobem nastartovat a používat ho (ignoroval CONFIG.SYS a AUTOEXEC.BAT, muselo se to řešit strašnými oklikami).
98SE tohle ještě uměly - a "překvapivě", na přelomu století byla schopnost používat "čistý" MS-DOS pořád docela klíčová, jak ve firmách, kvůli existujícím programům, tak v domácnostech kvůli hrám pro MS-DOS (Dosbox byla ještě hudba budoucnosti).
MS-DOS jako takový samozřejmě nechyběl, dalo se do něj dostat, ale nebylo to zdaleka tak přímočaré jako u 95/98.
A v neposlední řadě, daleko větší nároky na železo - ty sice šly sundat ručně po instalaci postupným zakázáním různých služeb atp., ale jednak to byla práce navíc a jednak pořád zůstávaly výše zmíněné problémy.
Tohle se zlomilo až někdy později, v éře XP.
Zas na straně druhé, ME obsahovaly asi nejlepší knihovnu ovladačů tiskáren a uměly USB disky "rovnou z krabice", takže jsem skutečně i tehdy znal hodně lidí, kterým ME seděly víc, než 98SE - averze k ME byla způsobená i tím, že vedle W2k to byla jasná regrese, oproti 98SE to zas takový pokrok nebyl a XP už byly +/- na cestě a tak se nemělo smysl zdržovat s evidentním stop-gap řešením.