Rozdíl v tom nevidím, je to jen jiná vrstva. Když sedím u svého PC, tak používám KDE nebo používám jádro operačního systému? IMHO oboje. Jsem uživatelem hardwaru, ovladačů/modulů, jádra OS, desktopového prostředí i aplikací, prostě všech vrstev.
Když jedu po silnici tak nejsem jen uživatelem svého vozu, ale i uživatelem silnice (i když mi nepatří), bez ní by to nešlo. Stejně tak by to nešlo bez jádra OS (i když mi nepatří).