Nestačí mať v hlavičke header ("Content-type: text/html; charser=windows-1250"); ;-)
Ten súbor, v ktorom to máš napísané, musí byť zároveň aj uložený v tomto kódovaní. Ak tak nie je, tak potom je zbytočné posielať danú hlavičku s nejakým kódovaním iba pre parádu :-)
Prečítaj si o kódovaní textu na počítači (veľmi užitočné informácie).
A nakoniec, dám ti aspoň krátky tutoriál, ako uložiť v súbor v nejakom kódovaní:
Otvoríš si nejaký textový editor. Napíšeš do neho ľubovoľný text s diakritikou.
Zvolíš Súbor > Uložiť ako, príp. Súbor > Uložiť v kódovaní.
Zadáš názov súboru a zvolíš kódovanie (windows-1250, Západoeurópske).