IMHO tohle jsou dvě možný koncepce a těžko říct, která je lepší – každýmu asi vyhovuje něco jinýho:
1. distro má nějaké svoje „policy“, kam umísťuje konfiguráky + třeba nějaké patche, aby místo jednoho souboru bylo možný použít něco jako /etc/balik.d/* + skripty, který se souborama v tomhle adresáři manipulují
2. distro balíky neznásilňuje a instaluje všechno tam, kam to umístil autor (pokud to není nějaká vyložená zhůvěřilost)