Ja mám skúsenosť so zmenou z Mandrivy na Ubuntu, keď mi vďaka tomu, že som ponechal /home, nenabehla ani grafika. Xorg sa skrátka nedostal ku konfiguráku, napriek tomu, že sa účet volal rovnako a rovnaké bolo aj heslo.
Až na to, že xorg v /home nic nehledá... Takže pokud něco nenaběhlo, byl to patrně windows manager. Naopak, zachování /home (a dalších souborů třeba z /etc, /var) je věc docela běžná, jen nelze očekávat, že v jiné distribuci budou všechny cesty stejné a drobná změna v .xinitrc za zachování většiny nastavení stojí. Je to asi jako rozčilovat se nad tím, že po formátu C:\ a nové instalaci Windows mi nefunguje Photoshop, který jsem měl před tím na D:\ a nemazal jsem ho.