Rozdíl tam je.
Pokud chci autenticitu serveru, tak jsem závislý na DNSku (podvržení IP adresy) a ověření jeho certifikátu. Proto se zavádí DANE, DNSSEC a podobný opičárny.
Pokud chci mít jistotu, že přenesený soubor je autentický (= pochází z toho serveru, který chci navštívit), musím mít jistotu, že někdo neunesl spojení. A to už věcí protokolu je (výměna klíčů, podpis přenosu,...).
Pokud jde o FTP, je tak křišťálově průhledný, že si ISPík může upravit router a když se po něm bude něco stahovat z reklamního serveru (známá URL), naservírovat reklamy z fake serveru konkurence. Provozovatel webu ostrouhá, ISPík si přivydělá a čtenář nic nepozná. A to se vyplatí.