V INNO DB nelze kromě fulltextových indexů používat ani spatial indexy :( Sice to zní pěkně, že MySQL umí kde co, ale prakticky je dost nepoužitelné, protože si musíte vybrat, kterou „půlku“ věcí chcete používat.
Jinak je fakt, že některé věci se mi na MySQL líbí a kdyby opravili/dodělali ty zmíněné nedostatky, tak by to byla i celkem fajn DB. Ale to bude trvat ještě dlouho, pokud se tak vůbec stane.
Další věc je jakási licenční nejistota. Myslím, že většina lidí ani neví, kdy lze použít MySQL zdarma a kdy nikoli. Myslím, že to v poslední době také nějak změnilo.