jisteze je to problem. fragmentace jako takova je nevyhodna a zpomaluje praci pri I/O a daty. to je proste fakt.
to co popisujete je dle meho nazoru proste vadny navrh aplikace. a resenim je pouzivat neco jineho nez nejake system restore ktere popisujete.
a abych parafrazoval: snad to nejkdy budete moci udelat (ve smyslu: svobodne se rozhodnout ze tu a tu konkretni cast windows nebudete pouzivat, protoze vam nevyhovuje)