Když soubor uložíte nekomprimovaný, a poté jej zkomprimujete, zabere méně místa, než zabíral původně. NTFS provádí kompresi po 16 clusterech. Když je zkomprimujete na 4 clustery, na disku zůstane díra 12 clusterů volného místa. Protože stejně nekomprimujete soubory, u kterých záleží na výkonu, je to celkem jedno. Ovšem ve výpisu fragmentovaných souborů budete mít například komprimované soubory ze System Restore, které jsou rozsekané na stovky fragmentů. Vliv na výkon to má nulový, ale při počítání procenta fragmentace (což je číslo, které stejně každý počítá jinak) se to dost projeví.