Upřímně doufám, že Windows nebudou nikdy defragmentovat soubory stylem "zkusíme soubor překopírovat někam jinam, třeba se fragmentace zlepší". A protože mají už hodnou dobu API pro defragmentaci, je tu velká šance, že se tak opravdu nestane.
Pokud chcete defragmentovat jednotlivé soubory, viz utilita contig od sysinternals. Ve Vistě to řešit nemusíte, protože defrag běží jako plánovaná úloha každých pár dní. A běží s nízkou prioritou I/O operací, takže uživatele nijak neomezuje. Třeba se to unixy také jednou naučí ;)