Dost těch problémů, které popisujete, může pramenit čistě z toho Thunderboltu. Já jsem rok bojoval s dockinou Dell TB16 a nakonec jsem zjistil, že velmi podobné problémy řeší lidi na Windows (vypínání monitorů, problikávání apod.) a to zařízení saje obecně. Měnilo to chování po aktualizacích firmwaru v dockině i v notebooku. Ony ty TB dockiny nejsou žádné hloupé rozbočovače, ale docela sofistikované zařízení s vlastním grafickým chipem a kde i kabel na připojení do notebooku má vlastní chip.
Jinak nevím, co je dnes v Debianu za verzi GNOME Shellu, ale na obdobném počítači mi ve Fedoře GNOME Shell 3.28 i 3.30 lítá (a to i na 4K monitoru). Indexováním to nebude, Tracker na dnešních počítačích bere naprosto marginální množství systémových prostředků.