Práve preto je vhodné aplikácie prevádzkovať iba s JRE/JDK z distribúcie, ale nie s ďalšími zdieľanými dependencies, tie nech si prinesú vlastné. Aj Redhaťácky JBoss/WildFly/whatever si prináša vlastné. No a veci ako XA drivery je možné zabaliť vo viacerých ABI, aj tak treba konfigurovať cestu ku konkrétnemu jar.
Nie je to problém len javy, python alebo nodejs trpia presne na to isté, preto majú virtualenv alebo node_modules. Go sa na nejaké verziovanie dependencies ani len nehrá, všetko staticky zbuildujú a dovi-dopo.