Poněkud jednoduše řečeno, soubor v TeXu je zdroják, PDF výsledek. Soubor neco.tex je normální texťák, PDF je binárka. Do zdrojáku se TeXu se dá vrtat, do PDF to jde hůř.
Zdroják TeXu se nechá přechroustat nějakým programem (překvapivě se jmenuje tex, v českém prostředí většinou použiješ csplain, cslatex) a vypadne z toho nějaký binární soubor (.dvi), který se mimochodem dá konvertovat na PostScript, PDF a možná ještě něco jiného. Taky existují modifikace TeXu (programu), který vyplivne přímo PDF.