S Koperníkovou teorií je to zapeklitější. Poměrně záhy bylo zjištěno, že se nebeská tělesa pohybují trochu jinak než by podle teorie měla a že ptolemaiovské epicykly jejich pohyb popisují přesnějí, což byl veliký problém. Rozštípl to Kepler, Koperník totiž předpokládal, že dráhy těles jsou kruhové, zatímco Kepler odhalil, že to jsou elipsy. Viz Koperníkova kniha "O obězích nebeských sfér".