Presne ako píšete. Plnohodnotná náhrada (zatiaľ) neexistuje a ak by aj existovala, potom tu zápasíme s ďalším problémom: rôzne verzie browserov. HTML5 ako taký je fajn, len každý prehliadač v každej verzii má z neho implementovanú iba časť. Dobrý príklad je RTMP, kde cca pred rokom túto technológiu mal implementovaný iba tuším Chrome (možno aj FF), ale IE bolo mimo. Nedá sa spoľahnúť, že nejaká časť kódu pobeží na 100% na všetkých browseroch, čo v prípade Flash-u bolo možné, pokiaľ bol prítomný plugin.
Druhou možnosťou je využívanie JS frameworkov, ktoré ako-tak zabezpečia, že daný kód bude bežať rovnako v každom prehliadači. Ale to za cenu, že budem aplikáciu nabaľovať o rôzne frameworky, ktoré to umožnia. To samozrejme bude viesť iba k spomaľovaniu...