Změna balíčkovacího systému by částečně pomohla v případě, že by balíček nedeklaroval závislost na "ABC", ale závislost na "ABC minimálně verze xyz" a balíčkovací systém se podíval, jestli odpovídající knihovnu má. Pokud ne, stáhne ji použije. Takže hybrid - ty si definuješ závislosti, balíčkovač se postará, aby tam byla potřebná verze potřebnýho balíčku a launcher podstrčil do envu cestu ke korektní knihovně.
Pokud jsem správně pochopil OsTree, mělo by to fungovat zhruba takhle + "megabalíček" s kernelem, launcherem,... v dobře otestované sestavě.