Certifikát můžeš získat pomocí utilitky openssl takto:
openssl s_client -connect server.nekde.cz:21 -starttls ftp
(parametry pro uložení viz manuál). Pak je potřeba certifikát přidat do uložiště, se kterým pracuje curl (to zase zjistíš v manuálu).
http://gagravarr.org/writing/openssl-certs/general.shtml#get-serv-cert
Pokud je ale certifikát vystavený na jiné jméno, tohle ti nepomůže. IMHO curl nenabízí možnost důvěřovat certifikátu, který je vlastně falešný :)