Ručně psaný makefile (nebo ještě hůř sada různých Makefile pro různé platformy) není vůbec udržovatelné. Sám jsem si to měl možnost zkusit - zvlášť pokud uživatelé nejsou zběhlí v UNIXu, ale potřebují se jen umýt a jít - ehm, tedy spustit ./configure a make. A do configure lze (na rozdíl od makefile) dávat run-time testy hostitelského systému (u výpočetních programů jsem například potřeboval nejvhodnější optimalizační přepínače pro g77 nebo detekci na chybnou implementaci erf() v jedné starší verzi libm). A to nemluvím o tom, že uživatelé s oblibou kompilují program na takových kombinacích operačního systému a knihoven, o kterých se autorovi programu ani nezdálo. Podle mého názoru je Makefile.in zhruba stejně dlouhé jako by bylo Makefile, a délka configure.in naprosto vyváží případných několik mutací Makefile pro různé OS. Autoconf rozhodně nevyrábí bloatware. Automake nepoužívám, ale myslím, že to nebude zase tak strašné. Co je komu po tom, že výsledný Makefile je 4x tak dlouhý. Na výsledném zkompilovaném programu se to nijak neprojeví, a pomůže to při údržbě balíku.
-Yenya