Všechny platné certifikáty, na které narazil Google Bot (který buduje jeden z logů), mají s celým stromem okolo 50 GiB. I kdyby se vydávaly každý měsíc nové, tak je to naprosto zanedbatelné ve srovnání třeba s YouTube, kde jde měsíčně o stovky terabajtů nových videí.
Pro ověření navíc nepotřebuješ celou kopii. Stačí ti znát hash v určitou dobu (který jsi vypočítal třeba při předchozím ověřování), z toho pak můžeš snadno dopočítat (a ověřit) novější hashe. Všechny nové certifikáty musí být novější než poslední ověřený certifikát (a seřazené od nejstaršího po nejnovější), čímž ověříš i to, že nedošlo k antedatování.
Mimochodem používal jsi někdy Git? Ten také používá Merklův strom.