A co webové aplikace? Hmm? E-mail, kalendář, komunikace, kolaborace a nespočet dalších, kde se už běžně používají (Web Notifications API).
Notifikace lze uživatelsky zakázat / povolit. Firefox to má nastavené na principu opt-in (aplikace si musí vyžádat povolení), takže nevidím problém. Až na ten odkazovaný bug :-)