Už je to nějaká chvíle, co jsem to zkoušel, takže asi došlo ke změně. Před nějakým časem (cca rok?) jsem se u toho docela natrápil, než jsem zjistil, že gnome-keyring s ED25519 (vždy nový formát) a klíči vytvořenými s přepinačem '-o' neumí pracovat, takže jsem to řešil tak, že jsem komponentu 'ssh' u gnome-keyringu přestal používat (/usr/bin/gnome-keyring-daemon --start --components=pkcs11,secrets) a místo toho požul keychain.