Klasické Arduino není nic jiného než deska s mikrokontrolérem Atmel AVR ATMega. Vůbec nic vám nebrání jej programovat přímo v Céčku nebo v Assembleru a na Wiring se vykašlat. Jako bonus budete mít k dispozici solidní bootloader.
Na Arduino Mega můžete rozjet třeba FreeRTOS a dělat aplikační část jako jeho tasky.
Některé shieldy s perifériemi jsou navržené pěkně... rozhodně bych Arduino nezatracoval - ušetří čas s bastlením, pokud je ho málo.