Boot sektor od LILO obsahuje mapu druhé části LILO - /boot/boot.b (nemusí být nutně souvislá, mapa je seznam dvojic číslo bloku, počet bloků), druhá část obsahuje mapu jádra a initrd. Příkazem lilo se obě mapy aktualizují. LILO používá pro čtení z disku BIOS.
U GRUBu je na tom kód v boot sektoru stejně (do necelých 500 bytů se moc kódu nevejde), ale BIOS a mapu používá jen pro stage2 (příp. *stage1_5), pak už rozumí formátu filesystému, takže přemístění jádra a initrd (nebo instalace nového) mu nevadí. Po přemístění součástí GRUBu je ale install nebo setup potřeba udělat.