Názor k článku Jak jsem se pokoušel vrátit MS Windows (první část) od Lael Ophir - Abych dlouze neopakoval co psali jiní, vezmu to...

Abych dlouze neopakoval co psali jiní, vezmu to krátce. Registry je indexovaná databáze, a vyhledání hodnoty je daleko rychlejší, než v textovém souboru. Důvodem je to, že textový soubor nemá index.
100k souborů ve /etc nebo ~/ samozřejmě rychlost ovlivní, i když ne dramaticky. Nicméně například OOo startuje pomalu mimo jiné díky textové konfiguraci.
http://wiki.services.openoffice.org/wiki/Performance/Configuration