Já jsem chvíli cherrytree používal, ale opustil jsem ho a přešel jsem na Joplin. Byť, používám poznámky dost náhodně, takže asi nejsem úplně dobrý příklad...
Každopádně:
* cherrytree má výrazně komplexnější možnosti formátování, ale fungují jako WYSIWYG, což mi moc nesedělo a ten markdown mi přijde lepší
* cherrytree by-default ukládá poznámky jako nějakou sqlite db, takže nejsou vůbec lidsky čitelné. Naopak Joplin celkem je, byť vyznat se v těch souborech není jednoduché, ale na read-only je to celkem ok.
* cherrytree má výrazně komplexnější možnosti hierarchie uzlů, ale stejně mi víc než dvě úrovně vždycky přišly už zbytečné.
* myslím si, že cherrytree nemá pro poznámky tagy
* Joplin umí i nějaké jednoduché notifikace
* Joplin má aplikaci na android
* z mého pohledu má Joplin lepší UI
* Joplin má CLI