Velká výhoda /usr je, že sdružuje soubory podobného charakteru -- věci pocházející z nainstalovaných balíčků / SW, které se za normálního provozu nemění, kromě aktualizací systému.
To dělá pohodlným spoustu scénářů typu stavím farmu identických kontejnerů, tak jim namountuji společné read-only /usr, ale každý má svůj /var. Nebo v embedded mám /usr na read-only oddílu, který se aktualizuje celý naráz A-B metodou, /etc a /var mám zvlášť. Ano, to samé by se dalo řešit i s /bin, /sbin/, /lib, atp., ale už musím řešit několik adresářů místo jednoho. Nebo např. můžu mít /usr oddíl chrnáněný nějakým checksumováním typu dm_verity.
Navíc některé adresáře jsou tradičně jen v /usr, např. /usr/share. Takže /usr by mi stejně zůstalo. Pak přesunout všechno do něj se zdá být čistší a přehlednější.
A spousta linuxových distribucí /usr merge zvládla bez problémů, např. Arch.