Ono bez symlinků to asi nepůjde nikdy, vzhledem k tomu, kolik poletuje po světě skriptů s `#!/bin/bash`. Myslím, že problém debianu je v tom, že po vytvoření symlinků, se pořád leckteré balíčky snaží instalovat soubory do /bin/, které se skrz symlink dostanou do /usr. Kdyby všechny balíčky instalovaly soubory do /usr a symlinky byly jen pro runtime použití (tak to koneckonců dělá Arch), nebyl by to takový problém.