Eclipse jsem nezkoušel. NetBeans všechny naklikané formuláře vygeneruje do zdrojáku, který potom dostanu k doplnění vlastního kódu. Editor v IDE tohle - pro mě smetí - schová, v externím editoru vidím třebas tisícovku vygenerovaných řádků kódu. Editor v IDE opravdu nestíhá, při použití externího editoru zase bloudím ve zdrojácích. V Javě se mi prostě programuje dost nepohodlně.
Běžně programuji v C++ a Qt. Kombinace Kdevelop a povelová řádka s make a vim je z pohledu rychlosti naprostý luxus.