To se mýlíte a vůbec jste nepochopil princip. Ano, 3D secure chrání především obchodníka, protože mu umožňuje přijmout pouze autorizované platby (kartu bez 3D afaik může volitelně odmítnout). Současně 3D secure snižuje okruh obchodníků, kde může útočník s kradenou kartou zaplatit bez ovládnutí druhého autorizačního kanálu (typicky SMS, ale možné jsou i jiné).
Celý vtip s 3D secure podle mých informací spočívá v tom, že "podvodná transakce" jde automaticky na vrub té strany, která (zbytečně) použila nižší způsob zabezpečení. Tzn. pokud vaši kartu s 3D secure někdo zneužije na čínském eshopu, který 3D secure nepoužívá, smolíka má automaticky obchodník.