Myslím si, že v prípade Let's encrypt ide hlavne o to aby spojenie bolo šifrované medzi užívateľom a poskytovateľom obsahu. To DNS nerieši.
Napríklad Google, ako to tu už niekto spomínal, má na tom eminentný záujem aby sa nemusel deliť zo ziskami z reklamy s poskytovateľom pripojenia, ktorému sa tak výrazne zťaží nahradzovanie a vkladanie vlastnej reklamy. Nie že by to nebolo možné, ale je to nepraktické a plošne nepoužiteľné.