Záleží, o jaké nastavení jde. Linux nikdy nebyl vyloženě klikací, s tím je prostě potřeba počítat. Tohle je ale silná výhoda v případě řešení problémů, viz níže.
Ne však pro běžného uživatele. Z pohledu běžného uživatele je pak nastavení zcela nemožné. Pamatuji se, kdy jsem si chtěl nastavit druhý externí displej otočený o 90 stupňů. Po několika dnech laborování a pročítání dokumentace jsem to vzdal.
Momentálně používám Mint 17 s Cinnamon, k jiným DE se musí vyjádřit jiní, ale dost by mě překvapilo, kdyby to jinde nešlo.
Mint s Cinamonem je právě ta světlá vyjímka. A možná jsem se špatně vyjádřil - nejde ani tak o nastavení výchozí aplikace ale právě o zbavení se té, kterou nepotřebuji. Kolikrát mi Ubuntu (před Unity, s Unity jsem Ubuntu skutečne vydržel používat max. 5 minut) odmítlo odinstalovat nějaký software jenom proto, že si autoři distribuce nedokázali představit, že uživatel chce používat něco jiného.
Nějaký konkrétní příklad? S tímhle jsem se nikdy nesetkal, a i kdyby, existují způsoby řešení, např. chroot.
Konkrétní příklad Vám nedám - asi bych se upsal. Stáhněte si 2 roky starou distribuci a poté chtějte nainstalovat nejnovější office, prohlížeč, přehrávač. Ačkoliv je to řešitelné - ne pro běžného uživatele, který neví a hlavně ani nechce vědět.
...
Je to zjevně o nějaké konstalaci hvězd, protože mě se Windows nikdy po aktualizaci systém rozbitý neměl, i když přiznávám, že možné to je. Co se týče té lapálie s USB - nikdy vyřešen nebyl a já byl nucen aktualizovat celý systém.