Já se teda hodně málokdy potkávám s tím, že by se Linux „podělal“ tak že by to nešlo rozumně opravit -- v nejhorším se dají třeba auditovat všechny změněné soubory na FS oproti balíčkovacímu systému. A pokud se něco podělá, tak je to právě konfigurace, bohužel často třeba konfigurace desktopového prostředí, která není textová, takže se to blbě verzuje tebou popsaným způsobem (ano, kdybych používal třeba Fluxbox, tak tam je konfigurace jednoduchá a textová; větší WM/DE bohužel mají složitou). Nebo třeba konfigurace Firefoxu a Thunderbirdu, což je neuvěřitelná změť sqlite souborů a jsonů :(.