XML? Fuj, to ať si raději klikači ke každému konfiguráku napíšou wrapper, který z jednoduchého konfiguráku udělají XML a po úpravě pak z XML zase ten jednoduchý konfigurák.
Jinak překrývání již existuje, jak je výše, a verzování (nejen) /etc rovněž (někdy opravdu užitečné, používám na Gentoo, jen to není tak že by to běželo přes svn, to by tam pak nikdo nemohl hrabat ručně, ale nástroje, kterými se /etc mění, jako je dispatch-conf a editor vim, se starají o verzování změn).