Ja sice nepouzivam LXDE ale cisty Openbox a mam v subore ~/.config/openbox/autorun.sh nastavene aby sa mi po starte Openboxu spustilo nasledovne mapovanie prepinania klavesnice:
# Prepinanie klavesnice sk en pomocou Shift+LavyAlt
setxkbmap -layout us,sk -variant qwerty -option grp:alt_shift_toggle