Mě se podařilo zprovoznit český rejstřík s texindy. V případě, že je nastavené kódování dokumentu na utf8 (dokument -> nastavení -> jazyky), v dialogu rejstříky (také v nastavení dokumentu) je třeba vybrat texindy jako generátor a do pole možnosti doplnit -L czech -M lang/czech/utf8
.