Nebude chyba v tom, že s dok. DB pracujete jak s relační? Sekvenční procházení seznamů je bude asi vždy pomalejší oproti RDB (výměnou za bezschématovost), ale provádíte-li často hromadnou operaci dle nějaké vlastnosti, máte si udělat podle ní „index“/dictionary/map, pak je rychlost shodná s RDB.
To rozložení po více počítačích jsem nepochopil - to, že dok. DB neřeší konzistenci, neznamená, že se na ni můžete ve vyšší vrstvě vybodnout.