Inu, podle dokumentace Thunderbirdu to vypadá, že ten chce vždy mermomocí všechno stáhnout a fulltext dělat u sebe, takže ať už server umí cokoliv, tak si moc nepomůžete.
Dovecot například umí použít hned několik full text enginů. Takže pokud byste použil klienta, co posílá vyhledávání přes IMAP tak by to asi byl vcelku fofr. Možná něco jako Trojitá?