Nevím, jestli se pro tohle HDF5 hodí. HDF byl vyvinut lidmi od superpočitačů, ale rozšířil se i jinam. Výhodou je, že jsou k němu prohlížeče. Nejpropracovanější je asi ten od HDF Group (https://www.hdfgroup.org/downloads/hdfview/).
O použití HDF5 s Pythonem pojednává kniha "Python and HDF5: Unlocking Scientific Data". Dá člověku představu, co HDF5 umí.