Ten, kdo pracuje s PDF s elektronickým podpisem, má v zásadě dvě možnosti práce.
První možností je nechat dokument převést do listinné podoby (na CzechPointu, u notáže, u advokáta). Při přecodu do listinné podoby se k dokumentu připojuje ověřovací doložka s obsahem praktick stejným, jako při ověření běžného podpisu. Stejně jako u ověření běžnéjho podpisu, není důležité to, co si kdo myslí že vidí ve vlastnoručním podpisu, ale to, co je na doložce. Tento postup je nejběžnější u jednotlivců, u malých firem.
Druhou možností je uchovávat dokument v elektronické podobě. Úskalí je v tom, že platnost ověření podpisu končí s platností ověření certifikátu ověřitele. Tedy několik málo let, obvykle značně méně, než je potřeba zachovávat právní dokument. V tom případě je nezbytné využívat službu, která elektronické písemnosti zachovává a stará se opravidelné přerazítkování, aby ověření certifikátem nevypršelo. V tomto případě opět obsluha vidí informace z certifikátu, nikoliv ty zobrazované v PDF.
Na okraj je ještě dobré připomenout, že u právních úkonů nemusí být podpis v PDF vůbec zobrazený. Např. dokumenty podepsané OVM (orgány veřejné moci) užívají podpis na dokumentu nezobrazený. Je to lepší praxe, protože je potřeba si uvědomit, že elektronický podpis funguje mírně odlišně než běžný vlastnoruční. Vlastnoruční podpis připojujeme do určitého místa, do rubriky pro to určené. Někdy se stává, že na dokumentu je více rubrik pro podpis - jednou se např. podepisuje smlouva, dalším podpisem se potvrzje přijetí zálohy, ..., a umístění podpisu určuje, jakou skutečnost stvrzujeme. To u elektronického dokumentu není možné. Ten je jedním podpisem podepsaný en bloc, a tak unmístění zobrazovaného podpisu je nejenom zbytečné, ale může být naopak i matoucí.
Problém s pozměněnými podpisy v PDF bych tedy považoval za poměrně okrajový. Ten, kdo ze zobrazené části vychází při ověření dokumentu, má v každém případě kriticky špatně nastavený pracovní postup a riskuje v mnohém.