Pouštíte každý update v smostatné transakci, nebo v nějakých blocích? Ten RAID1 je jaký a nad jakými disky? Můžete narážet na IOPS limit rotačních disků, pokud se po každém UPDATE dělá flush() a nemáte tam SSD ani writeback cache na tom RAIDu - pak je limit kolem těch 100 IOPS.