Protože 3D Secure chrání především obchodníka, který má větší jistotu, že mu transakci karetní společnost zpětně nestornuje jako neoprávněnou. Uživatelé se domnívají (stejně jako zřejmě vy), že má chránit především je, jako třeba dvoufaktorová autorizace. Ale tak to není, zejména proto, že podpora je ze strany obchodníků nepovinná a případný zloděj si samozřejmě vybere obchodníka, který 3D Secure nepodporuje.
Pokud ale obchodník 3D Secure neimplementuje a vy dodatečně reklamujete transakci jako neoprávněnou a provedenou někým jiným, karetní společnost obchodníkovi peníze sebere a vrátí vám je. S 3D Secure je to výrazně složitější, protože ta transakce má více ověřovacích prvků a už se z ní jako uživatel nemůžete tak snadno vyvléknout. Je tedy v zájmu obchodníka protokol podporovat, protože má šanci hraničící s jistotou, že transakci provedl skutečný držitel karty a bude platná.