To IMHO není až tak úplně pravda - DELETE na indexy vliv nemá, resp. při DELETE se indexy vůbec nemodifikují, pouze se u záznamu nastaví ID transakce která to smazala (ale to je v tabulce, ne v indexu). Dokonce i množství dat zapisované do transakčního logu bude daleko menší. To co DELETE naopak udělat musí je např. kontrola záznamů v child tabulkách apod.
Takže DELETE nemusí být nutně pomalejší než INSERT/UPDATE, nicméně takové situace nastat mohou. Troufám si ale tvrdit že to není ani tak vlivem indexů ale má to jiné příčiny. Ale chtělo by to vidět strukturu / SQL a trochu to zprofilovat.