Používám oboje, podle účelu. Když zapisuji třeba konfigurační bajty, které se až tak často nemění, tak klidně využiji flash. Ale pokud mám nějaké měření třeba (měřič strojového času, který musí vždy zapisovat poslední čas, kdy ještě byl naživu), tak raději použiji sériovou eeprom, které stojí pár kaček a připojí se dvěma dráty. Stejně tak použiji sériovou eeprom pro větší množství zaznamenávaných dat (datalogger). A pro obrovské objemy dat (třeba snímání fotek přes ccd kameru) je asi nejlepší použít levnou SD kartu s filesystémem.