On ten bod 2) selhává hlavně u starších (zejména proprietárních, ale i spousty neudržovaných OSS) aplikací, které jsou kolikrát vázané na knihovny v prehistorických verzích.
Ale ano, díky Flatpaku se to hýbe i v tomhle směru. A díky sandboxingu je to i mnohem bezpečnější, než si ty staré, mnohdy děravé knihovny cpát rovnou do systému a spouštět to přímo v profilu uživatele.