Pro firmu je levnější to nechat slepit, ale výsledek pak odpovídá tomu lepení. Mnohdy je lepší nechat si to naprogramovat od lidí kteří mají o programování trochu přehled a na přenositelnost nekašlou. Firma nikdy neví, kdy bude přecházet na jinou platformu (mohou to být klidně i nové Windows).
Využívat zdroje konkrétní platformy do mrtě potřebujete málokdy. Existují také přenostilné knihovny (například na podporu více vláken), které podle platformy použijí podporu daného operačního systému.
V Javě není problém udělat aplikaci, která bude závislá na platformě a je to dobře - volání nativních knihoven a podobně. Ale vy jste to myslel asi trochu jinak. Moc mě však nenapadá jak přesně.