Do makefile napis:
INCLUDES = tvuj_inc_dir druhy_inc_dir dalsi_inc_dir
CFLAGS = $(addprefix -I, $(INCLUDES)) dalsi_flagy
vpath %.h $(addsuffix :,$(INCLUDES))
Prvnim radkem udelas seznam adresaru s includama, na druhem je nastavis pro gcc a na tretim pro gmake, aby mohl jednoduse kontrolovat zavislosti.