Názor k článku Protokol SCP mizí: proč je jednoduchý přenos souborů po SSH problém? od msmucr - Souhlas, je to přesně tak jak říkáte. Taky...

Souhlas, je to přesně tak jak říkáte. Taky pokud to jde, tak používám nativní rsync protokol, i třeba přes tunel nebo site-to-site VPN.
Stejně tak s tím sftp, některé GUI klienty dokonce z tohoto důvodu mají možnost použít kombinace sftp a scp (pro samotné datové přenosy) kvůli rychlosti, někdy ten rozdíl opravdu může být velmi výrazný.
Bylo by skvělé, pokud by se před chystanou náhradou scp za sftp zaměřili i na tuhle oblast.

Obrovská výhoda sftp (resp. staršího scp) je v tom, že to je přítomné fakt v téměř jakémkoliv systému včetně macOSu i posledních Windows a s víceméně dobrou kompatibilitou napříč nejobvyklejšími implementacemi (OpenSSH, Dropbear, PuTTY, libssh2), takže je to velmi vhodné na jakékoliv ad-hoc vzdálené kopírování.
FTPS zmíněný v jiném příspěvku pro mě byl vždycky spíš problematický, vždycky mi to přišlo jako takový hybrid s veškerou komplexitou starého FTP a SSL. Často to neprochází přes NAT a firewally, které nemůžu žádným způsobem ovlivnit. Nezřídka se tam musí manuálně přidávat výjimky na neplatné serverové certifikáty atp.