Rozdíly v PyGtk a PyQt jsou asi jako mezi Gtk a Qt.
Na aplikace v PyGtk je potřeba taky Python. Jinak by to nebyla aplikace v Pythonu.
Gimp na Windows neběží jen tak sám od sebe, taky se tam musí Gtk knihovny doinstalovat (většinou jsou součástí instalace Gimp).
Knihovny PyQt4 i Qt4 jsou k dispozici i pro Windows, tak to na nich bude zřejmě běhat taky.