Tak ty klíče snad jsou v ~/.ssh/authorized_keys a ~/.ssh/known_hosts, ne? Nastavím pro /home/*/.ssh jako vlastníka root, povolení k zápisu jenom pro vlastníka, zákaz připojení roota na dálku a pak má útočník jedinou možnost - SSH + su s heslem na roota... Nějaký SCP se další spojení nepřidá. Ani klient, ani server. Ani oblbnutý uživatel.